Uus lehekülg Eesti ajaloos pöörati 13. sajandi alguses. 1208. aastal alustatud ristisõda uskmatute eestlaste alistamiseks (siit poolt vaadates eestlaste muistne vabadusvõitlus) jõudis peagi ka Läänemaale. Piiskopi residentsina tuli kõne alla kõrgem maakoht mere läheduses. Riia piiskopi Alberti soov oli teha Lihulast Saare-Lääne piiskopkonna kants. Lihula ordulinnuse (Schloss Leal) rajasid piiskop ja ordumeister kahasse
aastatel 1238- 1242, varasema eestlaste linnuse kohale. Linnus oli ovaalse põhiplaaniga paest ehitis ja vähemalt nelja torniga.
Juba 1251. viidi piiskopkonna keskus Pärnusse ja siis 1260. aastal Haapsallu. Ilmselt ei pääsenud residentsile suurema laevaga piisavalt lähedale (Matsalu laht on väga madal). Lihula linnuse juurde kujunes välja elava kaubandusega alevik, kuhu jõudis tarbekaupu Euroopast ja kaugemaltki. Linnus purustati Liivi sõjas ja ei ehitatud enam üles. Osa müüre veeti ümbruses asuvate hoonete ehitamiseks. Nüüd on osa linnusemüüre välja kaevatud ja konserveeritud.