Penijõe mõisas asub Matsalu rahvuspargi külastuskeskus. Praegune hilisklassitsistlikus stiilis mõisamaja ehitati 1835. aastal Lihula mõisa karjamõisaks. 1868. aastal sai mõisaomanikuks Eduard von Middendorff, 1907. aastal omastas mõisa Johannes von Wetter-Rosenthal. eesti esimesel iseseisvusajal tegutses siin põllutöö- ja karjakasvatajate kool. Mõis renoveeriti 2000. aastal.
